无纸化办公虽然已经深入人心，成为未来发展的必然趋势，并且已经在现实生活中得到了较为广泛的应用，但是，还是存在着一些非常现实的问题制约其作用的发挥，主要有：

(一)传统思想观念的存在影响了无纸化办公的应用

无纸化办公颠覆了传统的人们的行为习惯和观念，在我国有着几千年的历史，人们习惯了纸张的运用，认为白纸黑字上签字盖章才是最可信和有效的。很多领导习惯了在纸质文件上进行圈阅和改正，有些人计算机水平非常有限抵触现代化办公方式，甚至有些人认为这些通过电脑和网络传输的文件缺乏权威性。这些传统的习惯都在不同程度上制约着无纸化办公的发展速度。

(二)无纸化办公的安全性受到质疑、

对于通过计算机和网络传输文件，有些单位对于其安全性存在着很大质疑，并且在现实生活中也确实存在着安全隐患。比如无纸化办公在网络连接、服务器，数据库等方面都在一定程度上有安全隐患，一旦发生泄密事件影响巨大。

(三)办公人员素质有待提高，无纸化办公系统尚未统一

无纸化办公的操作和运行需要较高的技能和文化水平，技术队伍的强大是其有效运行的重要保障。在一些比较落后的地区，办公人员根本不懂计算机的操作，甚至在一些地方根本没有计算机就无法完成无纸化办公。在一些单位也存在着电子文件和纸质文件共存的情况，另外，无纸化系统尚无法统一，使得各单位之间无法通过一套系统进行沟通，这也成为无纸化办公运行的重要屏障。